根據《自治區黨委、自治區關于自治區機構設置的通知》（桂委會〔2009〕235號）和《自治區黨委、自治區關于自治區個別機構調整的通知》（桂委會〔2009〕236號），設立自治區食品藥品監督管理局，由自治區衛生廳管理。
    （一）取消已由自治區公布取消的行政審批事項。
    （二）將綜合協調食品、組織查處食品重大事故的職責劃給自治區衛生廳。
    （三）將自治區衛生廳食品衛生許可（按照2009年6月1日起施行的《中華人民共和國食品法》的規定，以下改稱餐飲服務許可），餐飲業、食堂等消費環節（以下改稱餐飲服務）食品監管和保健食品、化妝品衛生監督管理的職責，劃入自治區食品藥品監督管理局。
    （四）將餐飲服務食品、保健食品、化妝品、藥品、醫療器械等技術審評工作交給事業單位。
    2主要職責
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    （一）組織實施餐飲服務食品、保健食品、化妝品、藥品和醫療器械監督管理的法律、法規和規章；參與起草相關的地方性法規、規章草案、工作規劃并監督實施。
    （二）負責餐飲服務許可和餐飲服務食品監督管理，監督實施餐飲服務食品管
    理規范，開展餐飲服務食品狀況調查、監測工作，發布與餐飲服務食品監管有關的信息。
    （三）負責保健食品、化妝品衛生許可和衛生監督管理；負責保健食品、化妝品的有關審批工作。
    （四）負責對藥品、醫療器械行政監督和技術監督，監督實施藥品和醫療器械研制、生產、流通、使用方面的質量管理規范。
    （五）負責藥品、醫療器械注冊和監督管理，監督實施國家藥品、醫療器械標準，組織開展藥品不良反應和醫療器械不良事件監測，負責藥品、醫療器械再評價和淘汰工作；參與遴選基本非目錄藥品和民族藥，配合有關部門實施國家基本制度，組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度。
    （六）組織實施中藥、民族藥監督管理規范和中藥品種保護制度；監督實施中藥材生產質量管理規范、中藥飲片炮制規范；組織擬訂民族藥（壯藥、瑤藥）質量標準。
    （七）監督管理藥品、醫療器械質量，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品、藥品類易制毒化學品等特殊藥品（以下簡稱特殊藥品），發布藥品、醫療器械質量信息。
    （八）組織查處餐飲服務食品和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等的研制、生產、流通、使用方面的違法行為。
    （九）指導市、縣食品藥品有關方面的監督管理、應急、稽查和信息化建設工作。
    （十）監督實施執業藥師資格準入制度，組織實施執業藥師注冊工作。
    （十一）承辦自治區及自治區衛生廳交辦的其他事項。