綜合協調局機關日常事務，負責文書檔案、機要保密、會議組織、新聞宣傳發布、政務信息、提案議案、綜合統計、對外接待、來信來訪、信息化建設以及社會治安綜合治理工作；管理機關公產和行政后勤事務；組織協調開展與藥品監督管理和消費環節食品、保健食品、化妝品管理有關的交流與合作。負責局機關財務計劃、收支、預算、決算、撥款、審計、資產管理工作。負責專項經費、基本建設項目經費的管理使用；負責罰沒收入的監督管理。負責局機關的機構編制、干部人事、勞動工資和目標管理工作；擬定上報人員培訓計劃并組織實施；承擔執業藥師資格及藥學技術職稱申報初審工作；負責機關離退休人員的管理服務工作；承擔機關織的日常工作；負責機關直屬單位的黨群工作。