根據《中共昆明市委辦公廳昆明市辦公廳關于印發〈昆明市機構改革實施意見〉的通知》（昆辦發〔2009〕19號），設立昆明市食品藥品監督管理局，為昆明市衛生局管理的部門管理機構，正縣級。
    2內設機構
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    根據上述職責，昆明市食品藥品監督管理局機關設10個內設機構（正科級）和機關黨委。
    （一）辦公室
    （二）規劃財務處
    （三）人事處（離退休人員辦公室）
    （四）政策法規處
    （五）行政許可處
    （六）食品監管處
    （七）保健品化妝品監管處
    （八）藥品監管處
    （九）藥品流通監管處
    （十）藥品注冊和醫療器械監管處
    內設機構的職責由昆明市食品藥品監督管理局在組織實施本部門“三定規定”工作中負責審定印發，同時抄報市委編辦備案。
    機關黨委
    負責機關和所屬單位的黨群工作。